Contoh aktiviti harian di dalam Persona 3, di mana para pemain meningkatkan kemahiran akademik menerusi pembelajaran.

Persona 3 merupakan sebuah judul pembaharuan daripada judul-judul sebelumnya kerana jalan ceritanya berlangsung menerusi jangka masa yang tetap, yang berlaku hari demi hari berdasarkan satu tahun kalender,[3] berbanding gaya judul-judul RPG biasa yang lain. Seperti judul-judul sebelumnya, watak utamanya menuntut di sebuah sekolah menengah; akan tetapi, di dalam judul ini aktiviti-aktiviti sekolah adalah penting dalam membina sifat-sifat Watak Utama tersebut.[4] Sebagai contoh, jika watak utamanya berputus untuk belajar di perpustakaan sifat "Akademik" dirinya akan meningkat, ataupun dengan meneguk secawan "Pheromone Coffee" di mana "Karisma" dirinya akan meningkat, ataupun dengan meluangkan masanya menyanyi di pusat Karaoke untuk meningkatkan sifat "Keberanian" dirinya. Mencipta "Rantai Sosial" (Social Link) dengan bersahabat dan merapatkan hubungan di antara rakan sekelas dan lain-lain juga merupakan aspek utama yang penting, kerana akhirnya, kekuatan setiap hubungan yang terikat dengan Watak Utama akan memberi kesan terhadap prestasinya di dalam pertarungan. Gaya permainan Persona 3 adalah agak serupa dengan gaya permainan judul-judul permainan video RPG Jepun seperti Harvest Moon, Azure Dreams, atau judul ciptaan Atlus sendiri iaitu Imodoki no Vampire: Bloody Bride.

Meskipun separuh daripada permainannya ditujukan khas kepada kehidupan sebagai seorang remaja (bersosial, menyertai kelab-kelab, belajar, dan sebagainya), separuh lagi melibatkan pertarungan di dalam Tartarus, sebuah menara misteri yang asalnya merupakan sekolah menengah watak utamanya, di mana selepas melalui perubahan pada tengah malam, sekolah tersebut berubah menjadi menara yang dipenuhi musuh bergelar "Shadows". Beberapa tingkat tertentu dihuni "bos" dan peti-peti emas, manakala barang-barang yang dijumpai di dalam sebuah kotak pula ditaburkan di merata-rata tempat. Setiap tingkat di dalam Tartarus tidak mempunyai peta yang tetap, kecuali tingkat yang dihuni bos-bos kecil tersebut, justeru kawasan mereka adalah rawak setiap kali para pemain mengunjunginya. Kombinasi aspek-aspek seperti aktiviti-aktiviti harian serta eksplorasi-eksplorasi misteri ini memberi Persona 3 sebuah identiti unik dikalangan judul-judul Shin Megami Tensei, dan juga dikalangan genre RPG secara umumnya.

Sistem pertarungan Persona 3 adalah bergilir, di mana Watak Utama dan rakan-rakan seperjuangannya menggunakan Persona mereka untuk menentang musuh. Pertarungan di dalam Persona 3 mempamerkan penggunaan sistem Once More (Sekali Lagi), serupa dengan sistem Press Turn Battle (Pertarungan Tekan Bergilir) yang digunakan di dalam judul-judul Shin Megami Tensei kebelakangan ini seperti Digital Devil Saga, di mana para pemain diberi ganjaran dengan mengeksploitasi elemen kelemahan pihak musuh. Walau bagaimanapun, hanya giliran tambahan yang diberikan kepada individu yang berjaya melakukan ini, dan bukannya seluruh parti. Misalnya, jika seorang pemain menyerang satu Shadow yang lemah terhadap api dengan elemen api, musuh itu akan rebah. Jika semua musuh direbahkan, suatu serangan yang digelar All-out Attack (Serangan Habis-habisan) boleh dilakukan, di mana setiap ahli parti akan menyerang pihak musuh sekaligus, mencederakan mereka dengan serangan yang kuat, dipaparkan dengan gaya buku komik di mana onomatopoeia "Bam!" muncul di skrin.

Sebuah pertarungan biasa di dalam Persona 3, di mana hanya Watak Utama sahaja yang boleh dikawal para pemain.

Hanya watak protagonisnya sahaja yang boleh dikawal sacara langsung di dalam pertarungan, manakala rakan-rakannya ataupun ahli parti yang lain adalah di bawah kawalan AI.[5] Para pemain boleh memberi AI garis panduan menggunakan preset "Taktik", seperti "Sembuh/Sokong" atau "Serangan Penuh", yang boleh ditambah oleh pemain sepanjang permainannya. AI di dalam Persona 3 termasuk juga watak utamanya adalah di bawah pengaruh parameter tahap kesihatan yang beransur daripada "Hebat" (Great) kepada "Baik" (Good) atau "Letih" (Tired) kepada "Sakit" (Sick) sepanjang eksplorasi mereka di Tartarus. Jika seorang pemain atau rakan NPC di tahap "letih" atau "sakit", prestasi mereka di dalam pertarungan akan menurun dengan mendadak, dan akan lebih kerap menerima serangan kritikal. Tambahan pula, jika seorang watak itu di tahap "sakit", watak tersebut boleh mengakibatkan watak-watak lain diserang penyakit juga. Dengan rehat yang mencukupi, kesihatan watak boleh dipulihkan.

Di dalam pertarungan, Watak Utama dan rakan-rakannya menyeru Persona mereka menggunakan sejenis alat yang berbentuk serupa dengan sepucuk pistol bergelar "Evoker" (secara lit. "Pembangkit"), dengan meletakkan hujung objek tersebut di kepala mereka dan menarik picunya.[6] Dengan bantuan Persona mereka, parti mereka mampu menggunakan sihir dan melontar serangan-serangan khas (ahli parti itu sendiri boleh melakukan serangan fizikal biasa tanpa bantuan Persona). Meskipun rakan-rakan anda hanya mampu menyeru satu Persona sahaja, Watak Utama mampu menyimpan, menyeru dan mengubah Persona pilihannya, meskipun di dalam pertarungan. Apabila tahap para Persona meningkat para pemain mewarisi sifat-sifat di dalam bentuk statistik asas seperti kekuatan dan magik. Persona baharu boleh didapati menerusi permainan kad rawak, ataupun menerusi cantuman dua atau lebih Persona yang dimiliki. Dalam hal ini, mata pengalaman bonus yang diberikan kepada Persona yang dicantumkan adalah berdasarkan kekuatan Rantai Sosial yang dikaitkan dengan "Arcana" Persona tersebut. Social Link ataupun S-Link yang berada di tahap yang rendah menyumbang mata pengalaman yang kecil, manakala S-Link di tahap yang lebih tinggi menyumbang mata pengalaman yang lebih menguntungkan. Hubungan Rantai Sosial yang berada di had maksimum adalah diperlukan untuk mencipta Persona yang terkuat di dalam setiap satu Arcana.